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#Novedades de la industria
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Nueva manera de clasificar las células sin limitaciones de métodos tradicionales
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El método es análogo a analizar un smoothie para encontrar qué frutas entraron la fabricación de él, los investigadores dice
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¿Un equipo de investigadores de la Facultad de Medicina de la Universidad de Stanford ha subido con una nueva manera de analizar tipos individuales de la célula aplicando análisis matemático avanzado a las células? contenido.
El método es análogo a analizar un smoothie para encontrar qué frutas entraron la fabricación de él, los investigadores dice. Un papel que describía el método, llamado Cibersort, fue publicado el 30 de marzo en línea en métodos de la naturaleza.
Analizar y la clasificación de las células individuales según las proteínas que exhiben en sus superficies es partes esenciales de ciencia de la célula de vástago y de investigación de cáncer. Analizando estas proteínas, conocidas como marcadores de la superficie de la célula, los científicos pueden imaginar de lo que un poco están tratando las células ellas y considerar cómo la célula muestrea, tomado de un animal durante tiempo, cambio.
¿Con el cáncer, la presencia o la ausencia de ciertos marcadores de la célula puede diferenciar enorme en un paciente? pronóstico de s y qué tratamientos serán los más eficaces.
¿Pero muchas clases de poder del tejido? ¿t se analice fácilmente o exactamente usando los métodos actuales de célula que clasifican, obstaculizando científicos? ¿capacidad de hacer la investigación y a clínicos? capacidad de encontrar las terapias más eficaces para el cáncer y otras enfermedades.
¿? ¿El problema básico es que queremos a menudo contar las poblaciones de la célula en tejidos, pero confiamos en los métodos que requieren tejidos para ser recogidos y para ser almacenados, después para ser separados en las células individuales o para ser rebanados en secciones, y entonces etiquetado con los anticuerpos a los marcadores específicos? ceniza dicha Alizadeh, MD, PhD, profesor adjunto de la medicina y el autor mayor del papel. ¿? ¿Cada uno de estos pasos tiene limitaciones.?
Cómo se clasifican las células
¿Hace décadas, los investigadores de Stanford estaban entre el mundo? los líderes de s en desarrollar un método para analizar las células llamaron flujo cytometry. Con este método, los tejidos primero se separan en las células individuales y se exponen a los anticuerpos fluorescente etiquetados que atan a los marcadores particulares de la superficie de la célula. Entonces algunas células a la vez, en gotas minúsculas del agua, se pasan delante de un laser que excite los anticuerpos fluorescentes y un sensor óptico que cuente cada tipo de célula en la gota. En algunas máquinas, las diversas clases de células se pueden clasificar en los varios envases.
¿Puede usted tomar un tejido, mezclarlo para arriba, mirar el contenido y decir qué clases de células él vino?
El método estándar de clasificación de la célula requiere la fractura para arriba de tejidos, o desagregándolos, en las células individuales, Alizadeh dijo. Éste es un proceso áspero que destruye ciertos tipos de la célula y hace algunos tejidos inútiles para el estudio. Además, el método tradicional de preservar muestras médicas hace imposible procesarlas de esta manera, él observó. También, fluorescente etiquetado los anticuerpos debe ser producido para cada proteína específica de la célula en la cual los científicos estén interesados. Los anticuerpos pueden no estar disponibles para algunas proteínas, él dijo.
La solución que los investigadores subieron con es clasificar no las células, sino su contenido. ¿? ¿Pedíamos? ¿Puede usted tomar un tejido, mezclarlo para arriba, mirar el contenido y decir qué clases de células él vino??? Alizadeh dijo.
¿Reconstrucción del celular? ¿smoothie?
En desarrollar el nuevo método, Alizadeh y sus colegas se centraron no en los marcadores de la superficie de la célula de la proteína, sino en el ARN en el cual esas proteínas fueron modeladas. El erudito postdoctoral Aaron Newman, PhD, ideó un algoritmo de la computadora para reconstruir el tipo y el número de células originales basadas en el contenido del ARN de la mezcla de todas las células.
¿? ¿Él? ¿s tiene gusto de reconstruir un smoothie? Newman dicho, autor importante del papel. ¿? ¿Usted sabe que tiene muchas diversas clases de fruta en él, pero usted pone? t sabe enseguida cuántos de cada tipo. Sin embargo, usted puede ser que sepa que las fresas tenían una cantidad determinada de azúcar y de colorante rojo, mientras que las naranjas tienen una diversa cantidad de azúcar, de colorante anaranjado y de más tartness. ¿Si usted analiza cada uno de estas calidades, usted puede reconstruir cuántos de cada clase de fruta entraron la fabricación del smoothie.?
¿Además de evitar los problemas inherentes en la fractura para arriba de tejidos en células, investigadores que usan este método ganado? anticuerpos fluorescente etiquetados de la necesidad de t para los marcadores de la superficie de la célula que están buscando, él dijo.
Si aplicamos Cibersort a los tejidos del cáncer, pensamos que podremos ver cosas asombrosas.
Algunos de los avances recientes más emocionantes del tratamiento del cáncer implican el uso de las drogas nuevas que dedican inmunorespuestas a pacientes luchar la enfermedad. Estas drogas apuntan a menudo las poblaciones raras e inactivas de células inmunes que residan dentro de tumores. Mientras que algunas de estas drogas pueden ser dramáticamente eficaces para los pacientes con tipos muy diversos del tumor, las ventajas de no cada paciente igualmente, y algunos tipos del tumor aparecen no responder a estas nuevas terapias inmunes.
¿? ¿Un esfuerzo significativo, en curso es encontrar qué células inmunes median respuesta y resistencia a estas drogas, para permitir su haber dirigido y para precisar uso en una manera personalizada? Alizadeh dicho, que es también un miembro del instituto de Stanford para la biología de célula de vástago y medicina regenerador y el instituto del cáncer de Stanford. ¿? ¿Si aplicamos Cibersort a los tejidos del cáncer, pensamos que podremos ver cosas asombrosas.?
Alcance de tratamientos contra el cáncer
Si los investigadores aplican Cibersort a las muestras viejas del tumor de los pacientes cuya se sabe historia clínica, pueden poder aprender qué clases de células señalan más o cánceres menos mortales. Pueden también aprender qué clases de tratamientos trabajan mejor o peor en varios subtipos del cáncer. Esta clase de información pudo ser la más importante para las terapias del cáncer del anticuerpo.
¿? ¿Allí son las indirectas tempranas que es muy importante saber sobre la presencia de tipos específicos de células inmunes en el tumor antes y después de que se dan ciertas terapias, y cómo esas células cambian en un cierto plazo? Alizadeh dijo.
¿El otro autor importante del papel es Chih Liu largo, PhD, asociado de investigación en Alizadeh? laboratorio de s. Otros co-autores de Stanford son Maximiliano Diehn, MD, PhD, profesor adjunto de la oncología de la radiación; Chuong Hoang, MD, profesor adjunto anterior de la cirugía torácica; verde postdoctoral anterior de Michael del erudito, PhD; el ingeniero mayor Andrew de la investigación trata con suavidad, PhD; asociado de investigación anterior Weiguo Feng, PhD; y científico mayor Yue Xu, MD, PhD de la investigación.
Este trabajo fue apoyado por concesiones del duque fundación caritativa, la fundación de investigación de cáncer de Damon Runyon, el fondo de investigación de la oncología del cardán de B&J, el instituto de Luis para la investigación de cáncer, los institutos nacionales de la salud (concesiones U01CA154969, U19AI090019, y CA09302-35), el Departamento de Defensa de los E.E.U.U., y una concesión de Doris del instituto de la célula de vástago de Siebel y del Thomas y de la fundación de Stacey Siebel.
¿Stanford? el departamento de s de medicina también apoyó el trabajo.