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Seguimiento de las nuevas variantes de COVID-19 con la bioinformática

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Cómo la vigilancia y las pruebas continuas ayudarán a gestionar los posibles brotes de nuevas variantes

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Paul Oladimeji, PhD, es un investigador especializado en tecnologías de PCR y actualmente es el jefe de desarrollo de productos en Novacyt Group. Su experiencia anterior incluye la investigación de las alteraciones de la vía molecular DISC1 en los principales trastornos psiquiátricos y la identificación de variantes reguladoras cis en AKT1, un gen candidato a la susceptibilidad a la esquizofrenia. Los muchos años de experiencia y conocimientos de Paul ayudaron al Grupo Novacyt a lanzar uno de los primeros kits de pruebas COVID-19 de referencia en el mundo para ayudar a gestionar la pandemia.

P: ¿QUÉ DIFERENCIA A LOS PRODUCTOS DE DIAGNÓSTICO DE COVID-19 DEL GRUPO NOVACYT DE OTROS DEL MERCADO?

R: Tenemos más de 500 productos que detectan una variedad de patógenos. Cada producto detecta un microorganismo, un microbio o un virus causante de la enfermedad. Tenemos esta gama porque nuestros clientes necesitan productos para detectar algunas enfermedades que no están tan bien atendidas por el espacio de diagnóstico molecular, como las enfermedades tropicales desatendidas.

Nuestra experiencia en cubrir una gama tan amplia de patógenos nos permitió ser los primeros en fabricar un producto para la detección del SARS-CoV-2. La rapidez con la que desarrollamos el producto hizo que fuéramos los primeros en ofrecer un diagnóstico para el SARS-CoV-2 en Europa, los segundos en ser aprobados por la OMS y los quintos en ser aprobados por la FDA.

Lo único de nuestros productos es que los hemos diseñado para que puedan utilizarse en una gran variedad de instrumentos. Somos agnósticos en cuanto a sistemas. Tenemos un gran catálogo de productos que van más allá de los típicos 10 o 20, que están diseñados para funcionar en nuestros propios instrumentos de qPCR y en los de otros proveedores. Por lo tanto, si tiene un laboratorio y si tiene un instrumento de qPCR, nuestros productos pueden beneficiarle.

Nuestro producto aprobado por la FDA para el SARS-CoV-2 tiene una serie de características distintivas. Una de ellas es que puede ser automatizado, o puede hacer una extracción manual. Nuestros productos han sido validados como compatibles con un sistema automatizado para aquellos con laboratorios de alto rendimiento y automatizados en masa. También tenemos un producto de extracción manual para los laboratorios que no tienen esos sistemas automatizados.

P: ¿QUÉ TAL HAN FUNCIONADO SUS PRODUCTOS CON LAS VARIANTES DE COVID-19?

R: El producto no es sólo el ensayo que aparece en la puerta, y creo que eso es algo que la gente de los laboratorios debe entender. Los patógenos no se quedan quietos. Se trata de sistemas dinámicos y durante todo el año que nuestros productos han estado en el campo, el virus del SARS-CoV-2 ha estado evolucionando. No todo el mundo está familiarizado con él ahora, pero fuimos uno de los primeros, en abril de 2020, en empezar a publicar nuestra vigilancia bioinformática. Desde que lanzamos nuestro diagnóstico, publicamos semanalmente datos bioinformáticos que dicen: "Esto es lo que está haciendo el virus, y nuestro producto lo seguirá detectando" Seguimos detectando todas las variantes del SARS-CoV-2 que existen con nuestro producto.

Si hubiera algo único que hiciéramos con nuestros productos, aparte de lanzarlos antes que nuestros competidores, sería hacer la vigilancia bioinformática con verdadero rigor estadístico antes de que se convirtiera en algo sexy y todo el mundo lo hiciera.

Las variantes son muy interesantes porque captan la imaginación del público. Las variantes ocurren todo el tiempo; cada día hay una nueva variante, pero ¿tendrá esa variante alguna importancia? La mayoría de las variantes llegan y probablemente nunca las veas, ni oigas hablar de ellas, ni las encuentres porque no ofrecen ningún beneficio biológico, así que simplemente se mezclan con la población general y cualquier mutación que defina esa variante no durará mucho en la siguiente generación o en la siguiente ola. Pero hemos hecho un seguimiento de todas ellas, y cuando se incluyen todas las secuencias que se han publicado, cubrimos el 99,8% de todas ellas sin desajustes. Seguimos prediciendo que detectaremos las que tienen desajustes, y hemos realizado modelos en sílice y experimentos reales en laboratorio húmedo con versiones de variantes que tienen desajustes con nuestros cebadores y sondas, y hemos demostrado que aún podemos detectarlas. Así que estamos hablando de vigilancia bioinformática a un nivel que nunca ha sido estándar en la industria, pero estamos realmente orgullosos de estar estableciendo el estándar.

P: ¿CÓMO CREE QUE CAMBIARÁ LA NECESIDAD DE ESTAS PRUEBAS DE DIAGNÓSTICO EN UN FUTURO PRÓXIMO?

R: Por supuesto, en el sector se habla de la meseta de COVID, pero creo que va a ser una meseta alta. El COVID no va a desaparecer; va a estar con nosotros en un futuro próximo y va a ser algo que vamos a tener que gestionar, al igual que hacemos con la gripe. Las pruebas de COVID nos permitirán hacer un seguimiento de cualquier nueva oleada y gestionar cualquier medida de seguridad necesaria que deba ponerse en práctica con un enfoque basado en el riesgo. No hay que tomar estas decisiones basándose en una sensación visceral: se necesitan datos, hay que hacer un seguimiento, y la prueba COVID-19 ayudará a proteger a toda la población permitiéndonos gestionar cualquier posible brote de nuevas variantes en el futuro.