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La secuenciación del ARN mejora la detección de la fusión genética en los cánceres infantiles

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Casi el 20% de todos los cánceres y metástasis son el resultado de fusiones genéticas, es decir, reordenamientos cromosómicos que dan lugar a transcripciones quiméricas. Esto hace que la detección de fusiones genéticas sea fundamental para un diagnóstico, pronóstico y tratamiento precisos. Sin embargo, los métodos de diagnóstico actuales, como la RT-PCR (reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa), la FISH (hibridación fluorescente in situ), el cariotipo y las matrices de SNP (polimorfismo de un solo nucleótido) a menudo son incapaces de detectar las fusiones génicas.

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Un nuevo estudio realizado por científicos del Centro Princesa Máxima de los Países Bajos demuestra que la secuenciación del ARN puede superar las limitaciones de los métodos de diagnóstico tradicionales para identificar fusiones genéticas. Los investigadores llevaron a cabo la secuenciación de ARN en 24 muestras con un evento de fusión génica conocido para validar su método y, posteriormente, realizaron una secuenciación prospectiva de ARN en 244 pacientes, además de los procedimientos de diagnóstico rutinarios.

Sus hallazgos se publicaron en un artículo la revista JCO Precision Oncology el 27 de enero, titulado "Improved Gene Fusion Detection in Childhood Cancer Diagnostics Using RNA Sequencing" El estudio fue financiado por NWO, KiKa y la Fundación Adessium.

"Identificamos una fusión genética clínicamente relevante en 83 de los 244 casos de la cohorte prospectiva", señalan los autores. Los 244 casos consistían en muestras de tejido de niños con sospecha de cáncer que fueron remitidos al Centro Princesa Máxima entre finales de 2018 y mediados de 2019.

Los investigadores encontraron 60 fusiones tanto a través de las técnicas de diagnóstico de rutina como de la secuenciación de ARN, y una fusión solo a través de los diagnósticos de rutina. Sin embargo, la secuenciación de ARN fue capaz de detectar 24 fusiones que no pudieron ser detectadas por los diagnósticos de rutina, aumentando el rendimiento diagnóstico en un 38-39%. La secuenciación del ARN tuvo la ventaja añadida de identificar a los dos socios génicos implicados en la fusión génica, en contraste con la mayoría de las técnicas de rutina.

"La secuenciación del ARN ya se utilizaba antes, pero sólo en niños que estaban muy enfermos y en los que el tratamiento estándar había dejado de funcionar. En nuestro hospital de investigación, el Centro Princesa Máxima, hemos implementado la secuenciación del ARN en el diagnóstico estándar. Nuestro nuevo estudio demuestra que este enfoque está dando sus frutos", dijo el Dr. Bastiaan Tops, jefe del Laboratorio de Diagnóstico del Centro Princesa Máxima de oncología pediátrica y codirector del estudio. "Como podemos examinar el panorama genético completo del tumor de un niño en el momento del diagnóstico, podemos discutir las posibles consecuencias del tratamiento con el médico del niño de inmediato. Esto significa que podemos ofrecer a los niños con cáncer las mejores oportunidades, basadas en los últimos conocimientos científicos."

En el caso de dos pacientes, la nueva fusión identificada mediante la secuenciación del ARN llevó a los médicos a adoptar opciones de tratamiento más específicas. En el caso de una niña, el diagnóstico del patólogo se modificó a fibrosarcoma infantil, un tumor de tejidos blandos, con una fusión NTRK que la llevó a recibir un nuevo fármaco dirigido como parte de un ensayo clínico. En otro caso, el diagnóstico de un niño de un año con un tumor cerebral se cambió de glioblastoma a glioma hemisférico, un tumor con un resultado menos malo. Cuando el tratamiento estándar dejó de funcionar, se le administró un medicamento de precisión que lo mantuvo estable durante otro año.

"En este estudio, demostramos que una sola prueba que busca en todo el ARN del tumor es casi una vez y media más sensible a las fallas genéticas en el cáncer infantil", dijo Patrick Kemmeren, MD, líder del grupo y jefe del Núcleo de Big Data en el Centro Princesa Máxima de Oncología Pediátrica, y coautor del estudio. "En mi grupo, realizamos una investigación mucho más amplia sobre las anomalías del ADN y el ARN en el cáncer infantil. Si descubrimos nuevas anomalías, también pueden incluirse inmediatamente como parte de los nuevos diagnósticos, e incluso probarse retrospectivamente en niños que ya están bajo tratamiento. De este modo, los niños con cáncer se benefician lo antes posible de los nuevos descubrimientos dentro de la investigación fundamental"

Los autores esperan que la secuenciación del ARN sustituya a los métodos tradicionales de diagnóstico de las anomalías genéticas relacionadas con el cáncer en un futuro próximo.