Todo lo que necesita saber sobre la qPCR con colorantes

Conozca sus mejores opciones

La qPCR basada en colorantes es una opción rentable de qPCR que mide la amplificación del ADN de doble cadena durante la PCR (reacción en cadena de la polimerasa) basándose en la detección de la fluorescencia de un colorante de unión al ADN. Además de la mezcla de qPCR, el agua libre de nucleasas y el ADN, sólo se necesitan dos cebadores específicos de secuencia, lo que la convierte en una opción rentable cuando se analiza un gran número de dianas.

Hay muchas razones por las que la qPCR basada en colorantes es tan popular entre los científicos. He aquí algunas de ellas:

1. Coste (sólo 2 cebadores): una opción más económica que la qPCR basada en sondas.

2. Más fácil de diseñar que la qPCR basada en sonda. De nuevo, sólo se necesitan 2 cebadores para la primera. La segunda requiere 2 cebadores y una sonda colocada de forma muy específica.

3. Es posible detectar errores además del gen de interés, a diferencia de la qPCR basada en sonda. Por lo tanto, es posible optimizar el experimento y obtener mejores resultados la próxima vez.

Por desgracia, como ocurre con todos los métodos, la qPCR basada en colorantes no es ideal para todos los diseños experimentales. He aquí algunos contras:

1. No es posible hacer multiplexación.

2. Tiene baja especificidad.

La parte más importante de la qPCR basada en colorantes es, por supuesto, el colorante. El colorante clásico y probablemente más utilizado es el SYBR® Green. Sin embargo, existen opciones mejores, que quizá no sean tan populares todavía, pero que merece la pena tener en cuenta. Una de ellas es EvaGreen®, que es espectralmente similar a SYBR® Green, por lo que no es necesario cambiar ningún ajuste óptico al utilizarlo. Otra opción es SolisGreen®, que también comparte propiedades espectrales con otros colorantes de qPCR de uso común. Las mezclas de qPCR basadas en el colorante SolisGreen® tienen una alta sensibilidad y un mayor rendimiento (fluorescencia más brillante) con una concentración diana baja, lo que demuestra una mayor precisión y una menor varianza entre las réplicas técnicas.