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La cartografía transcriptómica espacial de genes aporta nuevos conocimientos sobre la enfermedad inflamatoria intestinal
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La cartografía transcriptómica espacial de genes aporta nuevos conocimientos sobre la enfermedad inflamatoria intestinal
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Investigadores del Karolinska College de Suecia utilizaron una técnica denominada transcriptómica espacial (st) para analizar la expresión génica en el colon de ratones y dibujaron un mapa que mostraba la localización de la expresión de un solo gen en el tejido. Cuando superpusieron al mapa datos transcripcionales humanos previamente conocidos, los investigadores obtuvieron una nueva comprensión de la enfermedad inflamatoria intestinal (EII).
La actividad transcripcional de una sola célula del colon se cartografía mediante una técnica denominada st genomics. Es la primera vez que alguien puede visualizar la expresión génica de todo el intestino, incluida la salud y la recuperación tras una lesión.
El uso de la tecnología de visualización espacial impulsada por el transcriptoma permite a los investigadores descubrir varios aspectos hasta ahora desconocidos, como que el colon está dividido en más partes de lo que se pensaba.
Cuando los resultados se combinaron con datos transcripcionales conocidos de tejidos humanos, los científicos observaron que la ubicación de algunas células intestinales era la misma en ratones y humanos, lo que convirtió el modelo en una herramienta para comprender cómo afectan a las células intestinales distintas enfermedades, como la EII.
En un estudio anterior, el equipo de Eduardo J. villablanca demostró que la colitis ulcerosa puede dividirse en dos subgrupos con diferente expresión génica. Utilizando el nuevo mapa, descubrieron que los genes de enfermedades más difíciles de tratar se encontraban en tejidos más gravemente dañados.
Del mismo modo, el mapa de genes puede utilizarse para ver la localización activa de las células humanas en el colon, lo que puede contribuir de forma significativa al desarrollo de nuevas terapias y fármacos.
La transcriptómica espacial fue desarrollada por científicos del kth Royal Institute of technology y el Karolinska college en el scilifelab. Permite visualizar la expresión génica en los tejidos. Sin embargo, para visualizar órganos tubulares largos como el colon, los investigadores del estudio aplicaron la tecnología de una forma novedosa. Enrollando el colon como un rollo suizo, consiguieron encajar y cartografiar todo el mapa de expresión génica de un órgano largo.
Los investigadores quieren ahora utilizar el mismo método para crear mapas similares de todos los órganos digestivos, desde la boca hasta el recto. Su objetivo es crear mapas de referencia de la expresión génica en todos estos tejidos.
El mapa genético de todo el órgano digestivo servirá para muchos aspectos, como explorar la relación entre las bacterias intestinales y la expresión génica celular, y comprender mejor cómo afectan las distintas dietas a sus funciones.
El estudio se publicó en la revista Nature communications.
