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Como potente herramienta para la monitorización de tumores, ¿cuáles son los escenarios de aplicación de la MRD en la promoción clínica?

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Como potente herramienta para la monitorización de tumores, ¿cuáles son los escenarios de aplicación de la MRD en la promoción clínica?

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La ERM, desde su aplicación madura en el campo de las neoplasias hematológicas hasta su implementación en la práctica clínica de los tumores sólidos, está desplazando gradualmente su valor de la evaluación del pronóstico al potencial predictivo, abarcando todas las etapas del desarrollo tumoral. Con el inicio de varios ensayos clínicos de intervención, el diagnóstico y el tratamiento precisos basados en los resultados de la ERM en el futuro podrían remodelar el panorama de la terapia del cáncer, beneficiando enormemente la supervivencia de los pacientes. En este número, exploraremos diversos aspectos de la ERM a través de un formato de preguntas y respuestas para proporcionar una visión completa.

Conocimientos básicos

1. ¿Qué es el MRD?

La ERM se describe de varias formas: Enfermedad Residual Mínima, Enfermedad Residual Mensurable y Enfermedad Residual Molecular. El concepto, aplicado originalmente a las neoplasias hematológicas, se ha extendido gradualmente a los tumores sólidos. Se refiere principalmente a las anomalías moleculares derivadas del cáncer que no pueden detectarse con los métodos tradicionales de diagnóstico por imagen o de laboratorio tras el tratamiento, sino que se descubren mediante biopsias líquidas. Estas anomalías sirven como biomarcadores que indican la presencia de células tumorales residuales en el organismo tras el tratamiento.

2. ¿Qué es la secuenciación del exoma completo (WES) y qué es la WES específica de un tumor?

Secuenciación del exoma completo (WES):

a) Alcance de la secuenciación: Abarca todas las regiones codificantes del exoma humano (más de 20.000 genes).

b) Profundidad de secuenciación: Profundidad media efectiva de secuenciación de ≥100×; cobertura de al menos el 95% a 20×.

c) Datos de secuenciación: Volumen efectivo de datos de ≥10G.

SpaceGen ha desarrollado de forma independiente una versión específica para tumores de las pruebas de secuenciación del exoma completo (WES). Además de la WES estándar, este enfoque incluye la cobertura de regiones de mutación de puntos calientes tumorales, regiones intrónicas relacionadas con fusiones génicas comunes, sitios patogénicos en regiones ClinVar no codificantes, marcadores SNP y regiones de inestabilidad de microsatélites (MSI). Los resultados de las pruebas de muestras de referencia cubren la terapia dirigida, la inmunoterapia y la evaluación del riesgo genético.

3.¿Qué es el análisis con información tumoral y qué es el análisis con diagnóstico tumoral? ¿Cuáles son sus características?

Análisis informado por el tumor (estrategia informada por el tumor):El análisis informado por el tumor, también conocido como estrategia informada por el tumor, consiste en analizar inicialmente la muestra de tejido tumoral de un paciente para conocer variaciones genómicas específicas. Posteriormente, se realiza un seguimiento de determinadas variantes presentes en el tejido tumoral mediante el análisis del ADNtc (ADN tumoral circulante). En este enfoque de monitorización de la ERM, el principio de información sobre el tumor se refleja en: (1) la selección y el diseño de los sitios de monitorización del ctADN basados en las mutaciones detectadas en el tejido tumoral, y (2) la determinación del estado MRD-negativo o MRD-positivo basado en la detección de mutaciones derivadas del tumor en el ctADN. El producto Signatera de Natera ejemplifica la estrategia informada por el tumor. Comienza con una prueba de WES del tejido tumoral del paciente para conocer su perfil de mutaciones, seguida de un análisis personalizado de ctADN dirigido a 16 sitios de variantes específicas.

Análisis sin tumor (estrategia sin tumor):

El análisis Tumor-Naïve, también conocido como Estrategia Tumor-Naïve, no se basa en la detección de mutaciones a partir del tejido tumoral del paciente. En su lugar, implica el diseño de un panel especializado para un tipo específico de cáncer y el uso de análisis de ctADN a partir del plasma del paciente. Este enfoque también podría incorporar otros métodos ómicos, como la epigenética, junto con el análisis de ctADN para determinar la MRD. El producto MRD de Guardant Health es un ejemplo destacado de la estrategia tumor-naïve. Además del análisis de mutaciones, este producto integra el análisis de metilación para mejorar la sensibilidad predictiva.

4. ¿Qué son los paneles personalizados y los paneles fijos de MRD?

Panel personalizado se refiere a un diseño de panel que no tiene genes y loci fijos. Implica la realización de grandes paneles, secuenciación del exoma completo o secuenciación del genoma completo en el tejido del paciente. En función de factores como la categoría, el tipo y la abundancia de las mutaciones genéticas, se selecciona un determinado número de genes personalizados o adaptados. Estos genes positivos seleccionados sirven como base de referencia para el posterior seguimiento y comparación periódicos.

El panel fijo, por su parte, se diseña en función de las características moleculares de distintos tipos de cáncer. Suele incluir genes impulsores y dianas moleculares para terapias dirigidas a diversos tipos de cáncer. Un panel fijo de genes/loci se utiliza para la secuenciación de alta profundidad con el fin de realizar un seguimiento dinámico.

Tanto los paneles fijos como los personalizados pueden utilizarse en una combinación cruzada para estrategias Tumor-Informed y Tumor-Naïve. Los paneles fijos se aplican más comúnmente en casos en los que no se pueden obtener muestras de tejido, como en la estrategia Tumor-Naïve.

5. ¿Qué son las vacaciones farmacológicas?

Las vacaciones farmacológicas, también conocidas como tratamiento intermitente, hacen referencia a una estrategia en la que se interrumpe temporalmente la administración de un medicamento tras haber alcanzado un efecto terapéutico satisfactorio mediante un uso prolongado. A pesar de la interrupción de la medicación, se mantiene la eficacia del tratamiento. La duración de las vacaciones farmacológicas puede variar desde varios días hasta meses e incluso años. Aunque el concepto de vacaciones farmacológicas no es nuevo y se ha utilizado en otras enfermedades crónicas que requieren medicación a largo plazo, su aplicación en el campo del tratamiento del cáncer requiere aún más investigación.

Un pequeño estudio exploratorio realizado en el Hospital Popular Provincial de Guangdong, del que se informó en el WCLC 2021, formaba parte del ensayo CTONG 1602 (NCT03046316).

Los criterios para las vacaciones farmacológicas incluyen:

1) Ausencia de lesiones visibles en el diagnóstico por imagen (TC, RM o PET/TC).

2) Enfermedad residual mínima (ERM) negativa.

3) Antígeno carcinoembrionario (ACE) negativo.

Durante la fase de descanso farmacológico, los pacientes no reciben ningún tratamiento pero se someten a un seguimiento mediante TAC, ACE y evaluaciones de ERM cada tres meses.

Criterios para reanudar el tratamiento

1) Progresión de la enfermedad (RECIST PD).

2) ERM positiva.

3) Aumento gradual de los niveles de ACE.

Aplicación clínica

1. ¿Cuáles son las diferencias entre la MRD y la secuenciación dirigida a tumores?

La secuenciación dirigida a tumores se centra principalmente en la identificación de mutaciones genéticas específicas en un tumor que son relevantes para las terapias dirigidas. Sirve como herramienta de diagnóstico o guía para los tratamientos dirigidos, y también puede utilizarse para estudiar los mecanismos de resistencia a las terapias dirigidas. Los paneles de secuenciación dirigida suelen incluir otros marcadores moleculares como la inestabilidad de microsatélites (MSI), la carga mutacional tumoral (TMB) y la evaluación de la sensibilidad a la quimioterapia.

La MRD, por su parte, tiene como objetivo detectar la enfermedad residual molecular. Evalúa la respuesta al tratamiento, vigila las recaídas y no es específica de una modalidad de tratamiento concreta. En cambio, se centra en el tratamiento sistémico integral de las neoplasias malignas. La MRD utiliza paneles personalizados o fijos de variaciones de ctADN para evaluar dinámicamente la respuesta al tratamiento y la aparición de recaídas y metástasis en cada paciente.

2. ¿A qué tipos de cáncer se aplica actualmente el MRD?

En teoría, la MRD es aplicable a todos los tumores sólidos. Sin embargo, algunos estudios sugieren que los tumores del sistema nervioso central (SNC) podrían tener una menor sensibilidad. Actualmente, se han publicado numerosos resultados de investigación para tipos de cáncer como el cáncer de pulmón, el cáncer colorrectal, el cáncer de mama, el cáncer de próstata, el cáncer de esófago, el cáncer de hígado, el cáncer gástrico y el cáncer de vejiga.

3. ¿Cuáles son las aplicaciones clínicas de la MRD en su promoción?

Manejo Integral Perioperatorio:

a) Evaluación del Beneficio de la Terapia Neoadyuvante: Análisis basal de muestras de biopsia + monitorización dinámica de ciclos de terapia neoadyuvante (múltiples veces).

b) Detección de enfermedad residual molecular postoperatoria: Análisis basal de muestras postoperatorias + evaluación de MRD (1 vez).

c) Evaluación del beneficio de la terapia adyuvante (postoperatorio/progresión): Análisis basal de la muestra postoperatoria/biopsia + evaluación de la ERM (varias veces).

d) Monitorización de la recaída: Análisis basal de terapia postoperatoria/adyuvante + evaluación de MRD (varias veces).

¿Cómo debe seleccionarse el tiempo de muestreo/seguimiento de la ERM?

En la actualidad, no existen pautas establecidas ni documentos de consenso que proporcionen recomendaciones estandarizadas para el momento del muestreo inicial y el monitoreo de la ERM. Sin embargo, el "Expert Consensus on Molecular Residual Disease in Non-Small Cell Lung Cancer" de 2021 describe que la vida media del ctADN es de aproximadamente 35 minutos, y el estado del ctADN tres días después de la cirugía puede indicar el riesgo de recaída (estudio DYNAMIC). La ventana inicial para las pruebas de ERM suele establecerse en los 4 meses posteriores al tratamiento curativo, como se menciona en el consenso. Para los pacientes con CPNM localmente avanzado que reciben quimiorradioterapia curativa y se preparan para inmunoterapia de consolidación, la ventana para las pruebas de ERM se define como al menos 1 semana después de la quimiorradioterapia curativa (estudio CAPP-Seq).

En la actualidad, el consenso recomienda que la ventana de tiempo inicial para las pruebas de ERM en el CPNM sea entre 1 semana y 1 mes después del tratamiento curativo.

4.¿Se puede utilizar la estrategia MRD with Tumor-informed en pacientes sin muestras de tejido ni tratamiento?

La monitorización de MRD mediante la estrategia Tumor-informed requiere la secuenciación del tejido tumoral y la personalización del panel de detección de MRD en función de la información de variación personalizada del paciente. La limitación de esta estrategia es la dependencia del tejido, por lo que la MRD con la estrategia Tumor-informed no puede utilizarse sin muestras de tejido.

Pacientes tratados: Los tumores presentan heterogeneidad espacial y temporal. Las opciones de tratamiento para diferentes tipos de cáncer pueden cambiar las características moleculares de los tumores. Existen diferencias entre el análisis de referencia de muestras tumorales anteriores y las características moleculares después del tratamiento, lo que puede afectar a la precisión de los resultados de las pruebas. En la actualidad, no existe una opinión unificada en las directrices y el consenso. Las lesiones recurrentes/metastásicas pueden utilizarse para el análisis basal, la vigilancia dinámica de seguimiento o la estrategia Tumor-naïve.

6. Si la primera enfermedad mínima residual (EMR) postoperatoria es negativa y se administra tratamiento adyuvante postoperatorio clínico, ¿sigue siendo necesario realizar una vigilancia dinámica de seguimiento múltiple?

Un resultado negativo de ERM no significa que el paciente esté libre de riesgo de recurrencia o metástasis. El estado residual molecular negativo postoperatorio tampoco sirve como único criterio para valorar la idoneidad del tratamiento adyuvante en la evaluación clínica. Aunque la prueba inicial de ERM sea negativa, sigue siendo aconsejable vigilar de forma dinámica la situación de recidiva y metástasis en los seguimientos posteriores, y proceder al control y al diagnóstico basándose en las recomendaciones de los médicos clínicos.

SpaceGen

SpaceGen ha introducido servicios de detección de la enfermedad residual molecular (ERM) en tumores sólidos con un panel de pruebas de productos de amplio espectro que admite diversas detecciones de ERM en tumores sólidos para satisfacer las necesidades clínicas.

1. ¿Cuál es el enfoque técnico de los servicios de detección de la enfermedad residual molecular (ERM) en tumores sólidos?

La detección de MRD de SpaceGen emplea una estrategia de pruebas de panel personalizada, también conocida como ensayos informados por el tumor. Comienza realizando una secuenciación completa del exoma completo (WES) en el tejido del tumor primario para identificar las mutaciones genéticas específicas del paciente. Posteriormente, se diseña un panel personalizado dirigido a un número específico de sitios de mutación en el tejido para su posterior análisis de ctADN (ADN tumoral circulante).

Pruebas de WES centradas en el tumor (tejido tumoral + sangre periférica) → Selección de sitios de mutación específicos → Personalización del panel → Monitorización múltiple continua (muestras de sangre periférica)

2. Ventajas y parámetros del proyecto

- Desarrollo independiente de la detección por secuenciación del exoma completo (WES) centrada en el tumor, que va más allá de la WES estándar al incluir la cobertura de regiones de mutación de puntos calientes tumorales, regiones intrónicas relevantes para fusiones génicas comunes, sitios patogénicos en regiones ClinVar no codificantes, andamiajes SNP (polimorfismo de nucleótido único) y regiones MSI (inestabilidad de microsatélites). Los resultados de detección de muestras de referencia cubren la terapia dirigida, la terapia inmunológica y la evaluación del riesgo genético.

- Los paneles personalizados emplean la amplificación de cebador único de desarrollo propio combinada con la tecnología de construcción de bibliotecas de secuenciación UMI (Identificador Molecular Único).

- La selección automatizada de sitios de seguimiento se realiza mediante una puntuación ponderada basada en factores como la frecuencia de mutación, la función génica, el tipo de mutación y el nivel de mutación. Este enfoque mejora la sensibilidad en la selección de sitios para la monitorización.

- La secuenciación ultraprofunda (100.000X) combinada con el análisis UMI logra una sensibilidad de detección de mutaciones del 0,05%, cumpliendo los requisitos de rendimiento de detección de MRD.

- El análisis de referencia y la monitorización dinámica múltiple permiten el diagnóstico y tratamiento integral del tumor, ofreciendo un ciclo completo de monitorización dinámica de la ERM a lo largo del tratamiento del cáncer.

3. Opciones combinadas

Gestión integral flexible con múltiples opciones:

- Análisis basal del exoma completo + 1 ronda de seguimiento dinámico

- Análisis basal del exoma completo + 3 rondas de seguimiento dinámico

- Análisis basal del exoma completo + 6 rondas de seguimiento dinámico

- Análisis basal del exoma completo + N rondas de seguimiento dinámico

Aplicable para la predicción del pronóstico, la evaluación del riesgo de recurrencia y la monitorización de la eficacia del tratamiento en diversos tumores sólidos.